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Carlos Pereira Berto Junior, conhecido como Carlos Junior, nasceu em Rio Tinto, em 4 de março de 1983. Iniciou sua carreira no futebol nas categorias de base do Sport Club Internacional, onde se destacou como meio-campista.
Em 2003, Carlos Junior foi contratado pelo São Paulo Futebol Clube, onde permaneceu por três temporadas. Durante esse período, conquistou o Campeonato Paulista em 2005. Em 2006, transferiu-se para o Grêmio Foot-Ball Porto Alegrense, onde conquistou a Copa do Brasil em 2007.
Após passagens por outros clubes brasileiros, como Cruzeiro Esporte Clube e Botafogo de Futebol e Regatas, Carlos Junior retornou ao São Paulo em 2012. Em sua segunda passagem pelo clube, conquistou mais um Campeonato Paulista em 2013.
Carlos Junior anunciou sua aposentadoria do futebol profissional em 2016, após uma carreira de 13 anos. Atualmente, trabalha como comentarista esportivo.